Wie für Auengebiete typisch, ist im Gebiet der Alten Aare eine grosse Anzahl unterschiedlicher Lebensräume anzutreffen. Dabei handelt es sich um sehr feuchte (Silberweidenauenwald, Riedwiesen) bis sehr trockene Lebensräume (Föhrenwälder). Diese trockenen Föhrenwälder mit eingestreuten alten Eichen sind im Mittelland sehr selten.

In den Giessen der ehemaligen Altarme finden sich seltene Pflanzen. Froschbiss (Hydrocharis morsus-ranae), Teichenzian (Nymphoides peltata) oder Braunrote Stendelwurz (Epipactis atrorubens) sind einige der wunderlichen Namen, welche entlang der Alten Aare anzutreffen sind. An den Ufern gedeihen vereinzelt die Schneidbinse (Cladium mariscus) sowie die gefährdeten Ufersegge (Carex riparia) und die Hainsegge (Carex otrubae).

In den wenigen noch vorhandenen Riedwiesen findet sich das Fleischrote Knabenkraut (Dactylorhiza incarnata), eine Orchidee, die sowohl Sonne und Nässe liebt. Das Rote Waldvögelein (Cephalanthera rubra) hingegen wächst im trockenen, lichten Föhrenwald, der auch dem Weissen Breitkölbchen (Platanthera bifolia) einen Lebensraum bietet. Weitere Orchideenarten im Gebiet der Alten Aare sind: Langblättriges Waldvögelein (Cephalanthera longifolia), Vogel-Nestwurz (Neottia nidus-avis), Grosses Zweiblatt (Listera ovata) und das Purpur Knabenkraut (Orchis purpurea). Anhand dieser Vielfalt ist das wertvolle Lebensraummosaik der Alten Aare zu erkennen.