Neben den üblichen Bauwerk- und Gerinnekontrollen sind an der Alten Aare weitere Unterhaltsarbeiten nötig. So muss zum Beispiel der Abflussquerschnitt der Alten Aare und des reaktivierten Altarms kontrolliert und wenn nötig von Schwemmholz oder Ablagerungen befreit werden. Wenn keine Hochwasser den Seitenarm Schwadernaugrien «durchspülen», muss periodisch alle zehn bis zwanzig Jahre ausgeholzt werden, damit er nicht wieder zuwächst. Auch zur Werterhaltung der neu geschaffenen Lebensräume sind Arbeiten nötig. Feuchtwiesen, Flachmoore und artenreiche Wiesen werden durch regelmässiges Mähen erhalten. In den aufgelichteten Föhrenwäldern müssen die nachwachsende Krautschicht und die neuen Bäume zurückgedrängt werden.
Neophyten wären keine Plage, wenn sie sich nicht unheimlich schnell vermehren und einheimische Pflanzen verdrängen würden. Sie müssen konsequent bekämpft werden.